Skuldviridae ⇐ Artikelentwürfe

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'''''Skuldviridae''''' ist eine vom Mit Stand 8. März 2024 umfasst die Familie (Biologie)|Familie '''''Skuldviridae''''' ebenfalls monotypisch nur die einzige Gattung (Biologie)|Gattung '''''Delusorvirus'''''.

Alle ''Atroposvirales''- bzw. ''Skuldviridae''-Mitglieder wurden per Metagenomik identifiziert (Stand März 2023).
Ihre mutmaßlichen Wirt (Biologie)|Wirte gehören zur Klasse Lokiarchaeia innerhalb der Asgardarchaeota; dies klassifiziert sie nicht-taxonomisch als Asgardviren unter den Archaeenviren.

== Beschreibung ==
Bisher (Stand Oktober 2021) wurden keine Viren isoliert, die Mitglieder der Asgardarchaeota infizieren.
Der Grund dafür liegt hauptsächlich in den Schwierigkeiten die Asgardarchaeota-Wirte zu Kultivierung|kultivieren.
Alle bisher offiziell anerkannten Asgardviren wurden daher per Metagenomik identifiziert. Allerdings gab es bis zum Oktober 2021 drei Virusgruppen, die durch Metagenomik in Tiefseesedimentproben entdeckt und Asgardarchaeota-Wirten zugeordnet werden konnten, darunter die ''Skuldviridae'' (Skuldviren,
Es wird daher angenommen, dass Skuldviren zu einer neuen Virusordnung innerhalb dieser ''Tectiliviricetes'' gehören, neben anderen Ordnungen, darunter zwei mit Bakterienwirten (Bakteriophagen: ''Vinavirales'' mit Familie ''Corticoviridae'' und ''Kalamavirales'' mit Familie ''Tectiviridae''), eine mit Archaeenwirten (Archaeenviren: ''Belfryvirales'' mit Familie ''Turriviridae'') und eine mit Eukaryotenwirten (''Rowavirales'' mit Familie ''Adenoviridae'').

=== Wirte ===
Die Viren der Gattung ''Delusorvirus'' infizieren nach Vorhersage als Asgardviren Archaeen aus der Klasse der Lokiarchaeia (Asgardarchaeota).
Dies ist eine Schwesterklasse der Heimdallarchaeota|Heimdallarchaeia, die in den meisten phylogenetischen Analysen eine Schwesterklade der Eukaryoten bilden.Zu den Eukaryoten (komplex-zellulären Organismen) gehören alle echten Vielzeller, darunter Pilze, Pflanzen und Tiere, darunter auch der Mensch. Viren dieser Gruppe sind also von besonderem Interesse auch im Hinblick auf die Evolution (vgl. Hypothese der virale Eukaryogense|viralen Eukaryogenese).

=== Fundort und Habitat ===
Im Jahr 2022 veröffentlichten Sofia Medvedeva ''et al.'' eine Metagenomik-Studie, in der sie 20 Contig#MAGs|MAGs von Asgardarchaeota aus Proben von Sedimenten des Tiefseebeckens vor der Shimokita-Halbinsel (Japan) identifiziert hatten.Standort C9001, Wassertiefe 1.180 Meter|m, Sedimenttiefe 0,91–363,3 m unter dem Meeresboden.

Zusammen mit den Archaeen konnten in der eDNA (Umwelt-DNA,
SkuldV1 wurde ebenfalls assoziiert mit Asgardarchaeota-MAGs aus einer am 21. April 2018 entnommenen Probe von anoxischen Sedimenten des Hikurangi-Grabens (auch Hikurangi-Trog genannt) vor der Nordinsel (Neuseeland)|Nordinsel Neuseelands identifiziert.

SkuldV3 stammt aus den ursprünglichen Datensätzen der Studie von Medvedeva ''et al.'' (2022).
SkuldV3 wurde ursprünglich aus Unterwassersedimenten der Cascadia Margin (Ocean Drilling Programme, Site 1244) identifiziert.
SkuldV1 und SkuldV3 wurden als zirkuläre Contigs Assemblierung|assmebliert und entsprechen somit vollständigen Virusgenomen.

Die Habitate der Skuldviren stimmen also mit denen ihrer mutmaßlichen Lokiarchaeia-Wirte überein: Liste der Tiefseegräben|Tiefseegräben, nachweislich des Pazifiks (möglicherweise aber aller Ozeane, wo Lokiarchaeia vorkommen).

=== Genom und Proteom ===
Ähnlich wie andere Mitglieder des Realm (Virologie)|Realms ''Varidnaviria'' Genetischer Code|kodieren die Skuldviren für ein Kapsid#Kapsomer|Hauptkapsidprotein (MCP) mit Proteinfaltung|Faltungsart Ursprünge der Viren#Varidnaviria|Double Jelly-Roll (DJR), sowie für mutmaßliche Genomverpackungs-ATPasen der FtsK-HerA-Proteinfamilie|Superfamilie, die sich aber von Terminasen der Mitglieder des Realms ''Duplodnaviria'' unterscheiden und daher nicht direkt mit ihnen verwandt sind.
Dies wurde zuerst festgestellt, nachdem das Contig#MAGs|MAG von SkuldV1 aus den anoxischen Sedimenten der Hikurangi-Subduktionszone Assemblierung|assmebliert vorlag.
Die Sequenzsuche mit dem SkuldV1 MCP führte zur Identifizierung von SkuldV2 und SkuldV3.

Neben dem DJR MCP kodiert die überwiegende Mehrheit der ''Varidnaviria'' für genomverpackende ATPasen der FtsK-HerA-Superfamilie; ein Homologie (Genetik)|Homolog einer solchen ATPase wurde in allen drei SkuldV-Genomen identifiziert, was zeigt, dass es sich tatsächlich um Mitglieder dieses Realms handelt.
Weitere Vergleiche zeigten, dass die Skuldviren bzgl. dieser Proteine am engsten mit den Viren der Familien ''Corticoviridae'', ''Turriviridae'', ''Turriviridae'', ''Tectiviridae'' (alle Klasse ''Tectiliviricetes'' des Phylums ''Preplasmiviricota'') verwandt sind.
Ein Strukturvergleich anhand eines vorhergesagten MCP-Modells von SkuldV1 zeigte außerdem, dass es dem MCP des eukaryotischen PM2-Phage|Pseudoalteromonas-Phagen PM2 (''Corticoviridae'') am ähnlichsten ist.
Deutlich niedrigere Übereinstimmung gab es mit dem ebenfalls eukaryotischen Pyramimonas orientalis virus (Spezies ''Heliosvirus raunefjordenense'', Familie ''Allomimiviridae'', früher ''Phycodnaviridae'') aus der Klasse ''Megaviricetes'' des Schwesterphylums ''Nucleocytoviricota''.

Die überwiegende Mehrheit der Skuldvirus-Proteine weist keine Ähnlichkeit mit Proteinen auf, die von anderen bekannten Viren kodiert werden.
Die Clusteranalyse|Netzwerkanalyse zeigte, dass die Skuldvirus-MCPs ein eigenes Cluster bilden, getrennt von den anderen zu dieser Zeit bekannten Gruppen von DJR-MCPs, was die taxonomische Klassifizierung in eine eigene Ordnung (''Atroposvirales'') rechtfertigt.
Wegen der Sequenzähnlichkeit von ca. 87 % von SkuldV1 und SkuldV3 wurden diese beiden Viren als zwei separate Arten derselben Gattung eingestuft.

== Systematik ==
Die Systematik der ''Skuldviridae''-Ordnung ''Atroposvirales'' ist gemäß
Ordnung (Biologie)|Ordnung '''''Atroposvirales'''''
* Familie (Biologie)|Familie '''''Skuldviridae'''''
** Gattung (Biologie)|Gattung '''''Delusorvirus'''''
*** Art (Biologie)|Spezies ''Delusorvirus cascadiense''
**** Stamm (Biologie)#Virusstämme|Stamm Lokiarchaeia-Virus SkuldV3, Genomlänge 11.372 Basenpaar|bp *** Spezies ''Delusorvirus hikurangiense''
**** Stamm Lokiarchaeia-Virus SkuldV1, Genomlänge 11.290 bp
– Fundort: Hikurangi-Graben vor der Nordinsel (Neuseeland)|Nordinsel Neuseelands, 21. April 2018
*** Spezies „Lokiarchaeia-Virus SkuldV2“, Genomlänge 11.871 bp (unvollständig)Es fehlen etwa 100 Codons (300 bp) des Gens für das MCP.
– Fundort: Sedimente unter dem Meeresboden (
== Etymologie ==
Der Name der Ordnung Atroposvirales bezieht sich auf Atropos, der ältesten der drei Moiren, Schicksalsgöttinnen der griechische Mythologie|griechischen Mythologie – sie entsprechen den Nornen der nordische Mythologie|nordischen Mythologie; die Endung ‚
* Der Name der Familie ''Skuldviridae'' leitet sich ab von den in ihr zusammengefassten Lokiarchaeia-Viren (Skuldviren: SkuldV1, SkuldV3, …); die Endung ‚ *: Skuld (vgl. de ‚Schuld‘) ist neben Verdandi (auch Werdandi) und Wurd|Wyrd (auch Wurd, vgl. Urd|Urðr) eine der drei Nornen (Schicksalsgöttinnen) der nordischen Mythologie.
** Der Gattungsname ''Delusorvirus'' leitet sich ab von *** Das Art-Epitheton ''cascadiense'' ist der latinisierte Genitiv mit der Bedeutung ‚vom Cascadia [Margin]‘ oder ‚zum Cascadia [Margin] gehörig‘, ein Hinweis auf den Fundort des Referenzstamms SkuldV3.
*** Das Art-Epitheton ''hikurangiense'' ist analog der latinisierte Genitiv mit der Bedeutung ‚von Hikurangi‘ oder ‚zu Hikurangi gehörig‘, ein Hinweis auf den Fundort des Referenzstamms SkuldV1.

== Anmerkungen ==


Der Hikurangi-Graben, auch Hikurangi-Trog genannt, ist ein Tiefseegraben|ozeanischer Graben am Boden des Pazifik|Pazifischen Ozeans vor der Ostküste der Nordinsel (Neuseeland)|Nordinsel Neuseelands, der zwischen dem südlichen Ende der Cookstraße und dem Chatham Rise liegt. Er ist die südliche Fortsetzung des viel tieferen Kermadecgraben und liegt in der Subduktionszone des Hikurangi-Margins. Siehe auch Zerfall Gondwanas und Zealandia.





Sofia Medvedeva, Jiarui Sun, Natalya Yutin, Eugene V. Koonin, Takuro Nunoura, Christian Rinke, Mart Krupovic: [https://ictv.global/ictv/proposals/2022 ... les_no.zip Create one new order, ‘''Atroposvirales''’ and two new families, ‘''Verdandiviridae''’ and ‘''Skuldviridae''’ for classification of viruses of Asgardarchaeota] (zip:docx). Vorschlag 2022.002A an das ICTV (angenommen), Oktober 2021 (

International Committee on Taxonomy of Viruses|ICTV: [https://ictv.global/taxonomy/taxondetai ... posvirales Order: ''Atroposvirales'']. 2022 Release, MSL #38.


International Committee on Taxonomy of Viruses|ICTV: [https://ictv.global/taxonomy Taxonomy Browser].


National Center for Biotechnology Information|NCBI Taxonomy Browser: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/B ... e=3&unlock Atroposvirales].


National Center for Biotechnology Information|NCBI Nucleotide: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/2243215601 LC711076]. Asgard archaea virus SkuldV2 DNA, complete genome.


[https://www.mtu.uni-bremen.de/cascadia- ... argin.html Cascadia Basin and Margin]. Auf: Marine Geophysics: SeismoAcoustic Research & Surveying. Universität Bremen, Fachgebiet MeeresTechnik/Umweltforschung: Geo Bremen (mtu.uni-bremen.de).



Sofia Medvedeva, Jiarui Sun, Natalya Yutin, Eugene V. Koonin, Takuro Nunoura, Christian Rinke, Mart Krupovic: ''Three families of Asgard archaeal viruses identified in metagenome-assembled genomes.'' In: ''Nature Microbiology'', Band 7, Nr. 7, Juli 2022, S. 962–973; doi:10.1038/s41564-022-01144-6, PMID 35760839, Hyper Articles en Ligne|HAL-Pasteur:[https://pasteur.hal.science/pasteur-03711350/document 03711350], Epub 27. Juni 2022 (

Tomas Alarcón-Schumacher, Susanne Erdmann: ''A trove of Asgard archaeal viruses.'' In: ''Nature Microbiology.'' Band 7, 27. Juni 2022, S. 931–932; doi:10.1038/s41564-022-01148-2. Dazu:
* Nicoletta Lanese: [https://www.sciencealert.com/these-newl ... e-on-earth These Newly Discovered Viruses


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